日本知识产权战略保护环节
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在知识产权保护方面，主要体现为知识产权授予与司法保护制度的完善两方面。日本知识产权战略实施后，与发明专利权、实用新型专利权相关的诉讼案件，由东京和大阪两地方法院专属管辖，因此，东京、大阪两地方法院实质上发挥了专利法院功能。此外，日本还通过专利委员制度以及调查官制度加强专家参与下知识产权的审判工作，从司法程序上完善对知识产权的保护，通过民事诉讼与无效程序的连接，提高专利案件的审判效率。所采取的措施主要有以下几方面:
(1)专利审查方面
①提高专利审查速度
自2000年，日本的专利申请量稳步增加，每年超过40万件，而专利审查制度改革后，审查周期从七年减少为三年，要求审查的专利数量却大大增加，由于处理速度不能跟上申请增加速度，导致未经审查的专利不断累积，当时预计积压申请将达80万件(2007年，积压达到88万件)。
从另一个角度看，随着技术和产品生命周期的缩短，专利审查期限过长不利于企业在国际市场上竞争。日本知识产权总部认识到加强专利审查的必要性。自2002年起承诺，到2013年将28个月的审查等待期缩短至11个月，最终实现零延迟的目标。为此，自2004年起，日本每年通过网络录取专利审查员，任期10年，五年内总计增加500人。2004年日本通过加速专利审查法案，正式以立法形式规定:允许把专利前期技术调查外包给私营部门的行为，放松此前的管制，也鼓励申请人接受此类调查。采取上述措施后，日本专利和实用新型的审查员从2003年的1 126人增加到2009年的1 692人，增长50%。考虑到这是在日本内阁计划从2006年到2010年减少5%公务员的前提背景下，增加专利局审查员，充分说明日本政府对该项工作的重视。与此同时，进行前期技术调查的受托法人也有所增加，从2003年的1所增加到2008年的8所;外包调查件数从2003年的16万件增加到2008年的21. 3万件。
在日本，2003年提起专利审查请求的专利数量保持在25万件左右，制度修订后，审查期限从七年缩短到三年，进入审查请求阶段的专利数由此大幅增加，2004年跃升至30万件，2005年达到峰值39. 7万件，积压减少后，该数值缓慢下降，2008年为34. 8万件。审查处理能力的提高使日本每年的审查数量稳步增加，2004年处理23. 4万件，2008年达34. 8万件，几乎消化了当年的全部专利申请。由此看来，该战略提出的2013年审查期限降为11个月的目标是可以实现的。
(2)建立世界通行的专利制度方面
专利的一大问题是如何实现全球通行的专利申请。随着经济全球化的拓展，世界专利申请数量显著增加。根据世界知识产权组织(WIPO)的统计，1996年外国人和本国人申请专利共计108万件，至2006年达176万件，增加了近70%。随着专利申请数量的增加，一些问题显露出来:首先，在日本、美国和欧洲，从1999年到2007年，审查等候期不断延长;其次，在日美欧中韩五个区域2007年的141万件专利申请中，42万件是重复申请;在日美欧三个区域的99万件专利申请中，25万件是重复申请;第三，每个国家的专利制度无论在手续上还是实质内容上均有差异，给各国申请人带来了沉重申请成本负担，极易引发权利行使期的延迟。例如，一家日本公司获得国外专利的成本，相当于131万日元(律师费71万日元、翻译费35万日元)，与之相比，尽管PCT途径的申请费用稍低，但也比在本国申请的费用(平均44 － 45万日元)高得多。这样，企业如果希望增加持有的海外专利，必将承担巨大的专利申请成本。
因此，日本主张通过促进国际专利审查结果的共享，减轻申请人的负担，并按照PLT(“专利法条约”)规定，极力谋求专利制度的国际协调。2005年生效的PLT是在WIPO的框架下，为实现专利审查程序的国际协调提出的。日本，美国和欧洲正在考虑是否加入PLT，同时对在前期相关技术、宽限期、新颖性和创造性等方面实现国际协调的SPLT(“实体专利法条约”)专利法条款的可行性积极进行探讨。但是南北国家在专利问题上始终存在冲突，这是日本在推进专利制度的国际协调方面必须考虑的。在2003年日本实施的第一次知识产权战略推广计划中，提出促进各国专利局之间的专利审查合作，强调通过开展专利法和审查标准的国际协调合作，达到各国相互承认彼此专利的目的。2003年以来，日本、美国和欧洲三国之间，在前期技术调查和审查结果的相互认可方面，开始加强交流合作。首先，从2004年开始启用卷宗调用系统，三国内部可以彼此搜索调阅任何一个国家的审查信息。之后，日本提议以三边专利局为中心，实施工作成果分享机制，即申请人在第一个机构的专利申请获得通过后，在第二个机构再次申请时，应当简化审查手续，这一提案也被称为“专利审查快速通道”(PPH)，并于2006年在日本和美国之间试行。2007年日本和韩国之间也开展了这项操作。2009年PPH缔约国家增加到10国，分别为美国、韩国、英国、与德国，丹麦，芬兰，俄罗斯，奥地利，新加坡，匈牙利10个国家。为体现降低申请人负担的原则，还要求各国尽可能统一申请表的内容格式。2007年日本、美国、欧洲同意使用同一专利审查格式。
然而，“专利审查快速通道”的实际利用率却并不高，只在日本和美国之间使用较多，日本对美国828件，美国对日本454件。
(3)设立专门解决知识产权纠纷的知识产权高等法院，强化争端解决功能
知识产权作为无形资产，其价值最终将由法院裁定。如果法院无法处理知识产权案件，企业知识产权战略和国家知识产权立国战略将难以实施。
①日本司法体制改革进程
从2000年起，日本知识产权法庭受理的侵权案件数量持续增加，当年超过600件。数量的增加带来各种问题，如审判速度缓慢、胜诉后赔偿金额低、判决的可预测性差和法院对专业技术的理解存在问题等。由此，日本被指责为不怕侵权，侵权反而获益的社会。
日本司法体制改革始于2001年6月公布的司法体制改革审议会(会长为京都大学名誉教授佐藤浩二) ，在该次会议上提出的意见书中，关于“加强知识产权有关案件的解决力度”的提案成为日本司法制度改革的主要支柱之一。2002年3月，日本司法制度推进计划(内阁决议)继续推动该议案，2003年修订民事诉讼法，规定知识产权案件的一审管辖权归属东京地方法院和大阪知识产权法院，二审法院为东京高等法院，以确保裁决结果的统一性。此后，日本内阁设立知识产权战略总部，并参照美国CAFC的做法，将设置知识产权高等法院列入议程。几经调整，最终在第一次推广计划中，提出建立知识产权高等法院的法案，于2004年提交日本国会。同年秋季，日本知识产权战略总部和司法系统改革总部共同设立专家委员会，讨论上述问题。
②围绕设置知识产权诉讼法院的争议
日本知识产权战略总部接受产业界的要求，为提高知识产权法院对技术的认知水平和贯彻国家重视知识产权的意图，提议设立第九所独立的高等法院，专门处理知识产权诉讼案件。对此，司法系统改革总部存在异议，认为在设置从事知识产权诉讼的专门法院一事上需要慎重，可以在普通法院设立专门解决知识产权案件的部门(如上所述，通过修订民事诉讼法，集中知识产权案件的一审管辖权)。
经两部门协商决定，在东京高等法院下设独立的知识产权高等法院。这样既可以维持现有的法院体系，又可以传递重视知识产权的信息。该法案提交国会通过后，于2005年4月开始执行。知识产权高等法院下设4个部门，法官18名，为弥补专业技术方面能力的欠缺，引进技术专家制度，重视发挥调查员的作用。为统一裁决，采取五位法官联合判决体制。
③专利有效性问题
日本知识产权高等法院建立后，在解决知识产权争端方面取得巨大成就，但是仍然存在许多尚待解决的课题，其主要集中在专利有效性方面。
自2002年实施知识产权战略后，日本地方法院新受理的知识产权案件在2004年达到高峰，为654件，2008年为497件，下降了约20%，其中涉及重要专利的案件在2004年为217件，2008年为147件，下降约30%。专利纠纷下降的原因，主要包括:企业守法意识的提高;经济衰退中为节约成本放弃诉讼等。企业界则认为，主要原因在于专利侵权诉讼结果中，70% ～ 80%是原告败诉，即根据日本专利法第104条第3款的解释，认定被侵权的专利存有争议，从而判决专利无效的案件增加所致。企业认为，在专利侵权认定过程中，如果法院判定专利本身是没有价值的，企业则要格外承担如许可协议无效的风险，因此，不到万不得已，企业不轻易起诉。
从2000年到2009年，日本地方法院在专利侵权诉讼的判决中，判定原告败诉的约500例，其中39%认定为专利无效。2000年专利无效判决约占10%，此后逐年上升，2006年占50%，自2007年起略有下降，保持在40%左右。在关于撤销专利无效判决的诉讼中也是如此，法院不轻易作出专利有效的判决。从2004年到2007年，日本法院撤销专利无效原判的比例，比维持原判的比例大约低10%，而在专利有效判决的二审中，撤销原判的比例却占到一半。虽然这一结论没有分析庭外和解的比例，不过，从知识产权立国战略的角度看，司法裁决是行使权利的重要保障，也是最终确定专利价值的权威机构，而现实中企业尽量避免法庭审判，是与其设置初衷相违背的。
企业拥有的专利在起诉后被判无效，这一状况直接导致企业国际竞争力的下降。如何扩大专利的应用，提高专利的质量是企业必要考虑的问题，但是专利局也有一定责任。为提高专利质量，要求专利局提高专利审查质量，改善判断能力。据明治大学高倉成行教授分析，法庭判定专利无效的理由主要有三大类:一是不具有新颖性，即技术已经存在;二是不具有创造性;三是申请手续错误。对于第一种情形，需要提高网络检索技术，扩大检索范围。这需要专利局提高信息检索功能，确保对此前已有技术的检索范围涵盖从专利文献到一般文献，从日文、英文文献到其他外国语文献。第二种情形较难判断，由于法院具有自由裁定权，在判定专利有效性问题上，应考虑法院与专利局合理分工，解决双重标准问题。如果仅依靠专利局的专利审查标准，有其局限性。当前，日本正在考虑在专利审查的过程中采取公众参与的做法，过去曾经有过异议制度，该制度在确保专利质量上发挥了重要作用。无论采取何种方式，都是为了在裁判前，有效利用专利局以外的力量进行专利审查。
强化审判职能也是必须的。专利判决具有准司法性质，有关专利有效性的判决除了要求了解技术知识外，还需要掌握诉讼法相关的法律知识，为提高裁决的可靠性，需要采取如培训和取得律师资格证等措施提高法官的法律知识。④专利权无效判定的双重标准问题
侵权诉讼中有关专利有效性的判断，存在专利无效抗辩和专利无效宣告两种，专利法中允许被告方请求专利局出示无效宣告裁决，证明专利无效，法院一般将专利有效性的判断委托专利局进行。从长期实践看，在2000年Kilby专利最高法院裁决中，提出法院具有辨识专利无效理由是否成立的能力，如果法院裁决专利无效理由成立，将认定该专利权的使用为权利滥用。2004年在该案件的判决中，扩大了法院作出无效裁决的适用范围，修订后的日本专利法第104条第3款提出，即便没有明显证据证明专利无效，法院也可以根据案情判定专利无效。这表明法院存在双重标准判定专利权无效，一是专利局的无效宣告;二是侵权诉讼中的无效裁决。目前，日本的专利侵权案中，70% ～ 80%的被告提出专利无效抗辩。双重标准已成为一个现实问题。该问题导致专利持有人需要在专利局和法院两方面证明专利有效，不仅耗费时间，而且增加财务负担。一种观点认为，日本专利法第104条第3款的内容使原告和被告之间的地位失衡。特别是中小企业由于缺乏足够的资金和法律专业人才，作为原告显然处于不利地位，即使它有一个更好的专利，也很难两次过关。例如某日本中小企业的案例，从1999年起诉到2003年日本最高法院判定其胜诉，获得4亿日元赔偿。期间，其作为原告提起2起诉讼，对此被告曾提出4起无效抗辩。对于一个销售收入10多亿的原告企业，法庭费用就需支付几个亿，可见双重标准近乎苛刻。
为改进双重标准问题，目前日本专利局研讨的建议中，一类认为应当统一采用法院标准，并限制专利无效抗辩的申诉;另一类认为，保留双重标准，加强专利局和法院之间的信息交流，从制度上保证标准一致。无论采用哪一种建议，都需要有效划分法院和专利局的职责。为提高法庭对知识产权纠纷涉及的专业知识的认知能力，可以引进专家委员制度，以公平中立的立场，解决知识产权纠纷;而专利局拥有许多技术专家每天处理大量的专利申请，接触很多技术信息，也与其他国家进行技术信息交流。鉴于双方的性质和作用，有效的做法是在法院裁决专利有效性时，利用专利局在技术方面的专长，采纳其意见后，由法院进行法律判决。如果存在明显的理由说明专利无效，就不需要等到无效宣告后再执行，也正是因为无效宣告需要时间过长，才引入专利法104条3款解决。不过，对于法院专利无效判决的适用范围，应该依然采用Kilby案件之前的范围。
2008年3月，日本经济团体联合会对其会员企业进行的知识产权战略调研结果显示，对在日本知识产权战略实施后，知识产权保护(权利的行使和权利化)的可预见性问题，42%的企业认为有所提高，27%认为没有改变，认为下降的占12%，虽然大多数企业的评价是积极的，但是仍有39%的企业并不满意。
⑤加快审判速度
在加快审判速度方面，东京地方法院审理知识产权相关案件的平均时间已经由1999年的23. 1个月，大幅缩短为2008年的13. 7个月。知识产权主审法官从36人增加到41人，知识产权高等法院，东京、大阪地方法院的业务部专家从起初的138人增加到2008年的200人。提高判决速度、一致性和专业性是日本成立知识产权高等法院的目的。在统一性方面，基本实现了实际管辖权的集中，并加以制度化。在判断专利有效性的标准方面，采用新的领先标准衡量创造性的做法，也得到日本业界的认可和赞许。
需要说明的是，在审理速度上，有日本学者将审理时间的缩短归因于专利无效判决的增加，通常情况下，涉及侵权诉讼的案例，将进行专利侵权的事实认定，认定前，首先需要判断专利是否无效，如果肯定专利无效，就不再进入事实认定程序，日本此前的知识产权诉讼案件，几乎没有专利无效的审判裁决，因而审理时间较长。要判断日本司法改革和知识产权战略实施后，审理速度是否加快，必须验证非专利无效判决的审理时间是否缩短。
⑥人才培养方面
在专业知识的认知方面采取的措施，如加强调查人员的权限、引进专家制度等取得较好成效，法官的培训力度也得以强化。不过，从日本司法改革的目的以及设立知识产权高等法院之初，就司法部引进“技术法官”的讨论结果看，在专业知识的认知方面，还有许多课题亟待解决。2010年6月对美国CAFC法官的背景调查显示，12位法官中除缺席的2名外，余下的10人中，非法律背景的占5名。这5人中，1人具有科研经验，1人具有科学学位，其余三名是有经验的电气工程师。对此，有观点指出，技术知识涉及领域广泛，掌握特定技术领域的专业知识，未必有助于不同专业的技术判断，况且不仅知识产权诉讼案件，在医疗事故诉讼中也涉及专业知识，因此，完全可以由一般法官在通盘考虑后，加以判断。不过，知识产权审判中，对创造性的判断，需要具备了解高度复杂的技术知识并加以评价的能力。究竟是由只有法学背景的人组成的法庭更符合日本司法体制改革的精神，还是应当配置有技术背景的法官加入为好，其结果是可以预见的。因此，有日本学者提议法学院应当录取一定数量的理工科背景的学生入学，尽早培养出胜任知识产权法庭的兼有理工科背景的法官。
(4)在反假冒和盗版商品及防止技术流失方面的对策
①日本反假冒和盗版商品的相关措施
从20世纪90年代末开始，假冒和盗版商品问题引起日本高度重视，这些商品中包括日本的家电、摩托车、日用品等。2004年，在世界海关组织和国际刑警组织共同举办的第一届消灭假冒和盗版商品会议上，日本提出在家电、摩托车、日用品等领域，日本企业的商标专用权屡遭侵犯，蒙受巨大损失。同年，在日本专利局开展的调查结果中，将日本企业在中国、韩国、泰国三国和台湾地区的销售收入损失估计为17万9千亿日元，利润损失为1. 2万亿日元，并且认为互联网的普及也促进了假冒和盗版商品的泛滥，如网购增加了冒牌货品的流通渠道、在网络流传的盗版片几乎与电影新片同步上映。
为打击日本国内的假冒和盗版商品，2003年日本修正海关关税法，加强对假冒和盗版商品的边境执法力度，顺次采取措施包括:授予专利持有人申请相关商品进口禁令的权利;海关具有向权利人提供关于进口商和海外生产企业相关信息的义务;海关有义务为受害人提供侵权货物的样品，用以分解分析等。为强化上述措施执行，日本增加了负责知识产权的海关官员，2003年增加40人，2008年增加到77人。
针对世界各地的假冒商品问题，日本自2003年起，每年由民间团体在海外举办国际知识产权保护论坛、日本政府也配合私营部门召开相关会议。2005年为避免假冒商品在东亚、东欧、南美等区域出现，日本在格伦伊格尔斯八国集团首脑会议上提出制定国际通行规则，并提交关于假冒商品的生产国有义务进行出口管制等内容的草案(ACTA)，在取得美国和法国的支持后，启动了该协议相关的谈判工作。②日本反假冒和盗版商品的效果
日本国内采取的相关措施已经初见成效。日本海关实行禁令的侵权货物逐年增加，2008年达到创纪录的26 000件。尽管如此，日本内阁府的调查结果显示，日本公众抵制假冒商品的意识薄弱。2005年，日本内阁府就一般公众对盗版态度进行了调查，结果表明，公众普遍对明知为盗版商品，仍然购买并带回日本国内消费的行为持容忍态度。为进一步打击假冒和盗版商品行为，日本政府不惜改革法律制度，并增加工作人员，依法加强监督，同时开展大规模打击假冒和盗版商品活动。在文化产业，2007年日本制定法律禁止盗版翻拍电影。这对在电影院使用摄像机非法录制影片，并大量复制出售的行为起到了一定遏制作用。
日本高度关注海外假冒和盗版商品带来的损失状况。2009年，日本经济产业省调查了在华的日资企业在2007年和2008年的知识产权损失情况，53%的受访者称遭受损失，80%的企业曾遭遇商标侵权，据此，日本认为海外的假冒和盗版商品带来的损失相当严重。受访企业基本认同当地政府针对这类问题所采取的逐年加大打击力度的措施，如2006年查获2593件，2007年2 868件，2008年3 153件。但是对于后续处罚情况，表示不了解的受访企业2007年占48%，2008年降为39%。同时受访企业也表示，当地政府部门出于缺乏打击假冒、盗版商品的技巧和人手，担心影响本地产业发展等原因，态度消极;而侵权者对侵权行为的犯罪意识较低，再犯的概率较高;另一方面，通过使用相近商标、小批量生产、存储以防查抄等变相的侵权行为有所增加。
③技术流失问题
20世纪90年代日本泡沫经济崩溃后，一部分日本企业研究人员和退休人员，开始利用周末的时间奔赴海外，为海外企业服务。日本认为，这一行为将日本企业尖端产品的相关技术和生产工序的技术诀窍等商业秘密提供给了海外的竞争对手企业，造成日本领先技术的流失，在某种程度上削弱了日本企业的国际竞争力。
美国也将泄漏企业、研究机构和高校的重要技术作为重大问题对待。正如2001年日本学者因涉嫌将美国哈佛大学的研究成果带出国而被指证为经济间谍一事所显示的，美国对窃取经济价值较高的技术信息的行为一直采取强硬立场，日本也数次修正法案以防止技术泄漏，但是其挑战在于执行方面。
中小企业也存在技术流失问题。世界公认日本中小企业的模具生产技术设计精巧，但是这些重要技术、技术诀窍取得专利的却不多。有些中小企业未经批准，就擅自将客户企业如汽车和电子产品龙头企业提供的模具设计图纸和数据，提供给外国企业，用以生产便宜的模具。针对这些不具有知识产权法规定的权利，又不算商业秘密，但是却是应当受到保护的技术，2003年日本经济产业省提出关于模具的合同纲领，要求产业界遵循指导开展业务。
④防止技术流失的对策措施
为防止技术流失，日本政府已采取各种措施加以防范。数次修订防止不正当竞争法;在2003年，为加强对商业秘密的保护，提出对擅自获取其他企业制造技术和客户名单的行为进行刑事处罚;2005年规定根据某些犯罪条款，对企业退休离职人员的泄露商业秘密的行为给予刑事处罚;同时修订知识产权保护法，将盗窃商业秘密的行为视同财产盗窃犯罪，判处10年以下徒刑的刑事处罚;2009年，进一步修订法律，扩大了商业秘密侵权行为的适用范围。
另一方面，日本政府也加强了对企业的指导。2003年确立了防止企业技术流失的基本方针;2006年推出保护日本企业技术诀窍的行动指南，通过实例介绍，告诉企业应当如何证明企业最早拥有使用权;2007年开始敦促高校加强对敏感技术的管理，并加强对留学生的管理等。日本产业界也采取各种措施，防止技术流失，如在企业的尖端产品生产过程中采取黑箱式操作;制定公司员工的信息安全手册;与员工签订保密协议等。
尽管制度保障、企业努力对防止技术流失发挥了一定的作用，但是技术流失问题仍然存在。
(1)专利审查方面
①提高专利审查速度
自2000年，日本的专利申请量稳步增加，每年超过40万件，而专利审查制度改革后，审查周期从七年减少为三年，要求审查的专利数量却大大增加，由于处理速度不能跟上申请增加速度，导致未经审查的专利不断累积，当时预计积压申请将达80万件(2007年，积压达到88万件)。
从另一个角度看，随着技术和产品生命周期的缩短，专利审查期限过长不利于企业在国际市场上竞争。日本知识产权总部认识到加强专利审查的必要性。自2002年起承诺，到2013年将28个月的审查等待期缩短至11个月，最终实现零延迟的目标。为此，自2004年起，日本每年通过网络录取专利审查员，任期10年，五年内总计增加500人。2004年日本通过加速专利审查法案，正式以立法形式规定:允许把专利前期技术调查外包给私营部门的行为，放松此前的管制，也鼓励申请人接受此类调查。采取上述措施后，日本专利和实用新型的审查员从2003年的1 126人增加到2009年的1 692人，增长50%。考虑到这是在日本内阁计划从2006年到2010年减少5%公务员的前提背景下，增加专利局审查员，充分说明日本政府对该项工作的重视。与此同时，进行前期技术调查的受托法人也有所增加，从2003年的1所增加到2008年的8所;外包调查件数从2003年的16万件增加到2008年的21. 3万件。
在日本，2003年提起专利审查请求的专利数量保持在25万件左右，制度修订后，审查期限从七年缩短到三年，进入审查请求阶段的专利数由此大幅增加，2004年跃升至30万件，2005年达到峰值39. 7万件，积压减少后，该数值缓慢下降，2008年为34. 8万件。审查处理能力的提高使日本每年的审查数量稳步增加，2004年处理23. 4万件，2008年达34. 8万件，几乎消化了当年的全部专利申请。由此看来，该战略提出的2013年审查期限降为11个月的目标是可以实现的。
(2)建立世界通行的专利制度方面
专利的一大问题是如何实现全球通行的专利申请。随着经济全球化的拓展，世界专利申请数量显著增加。根据世界知识产权组织(WIPO)的统计，1996年外国人和本国人申请专利共计108万件，至2006年达176万件，增加了近70%。随着专利申请数量的增加，一些问题显露出来:首先，在日本、美国和欧洲，从1999年到2007年，审查等候期不断延长;其次，在日美欧中韩五个区域2007年的141万件专利申请中，42万件是重复申请;在日美欧三个区域的99万件专利申请中，25万件是重复申请;第三，每个国家的专利制度无论在手续上还是实质内容上均有差异，给各国申请人带来了沉重申请成本负担，极易引发权利行使期的延迟。例如，一家日本公司获得国外专利的成本，相当于131万日元(律师费71万日元、翻译费35万日元)，与之相比，尽管PCT途径的申请费用稍低，但也比在本国申请的费用(平均44 － 45万日元)高得多。这样，企业如果希望增加持有的海外专利，必将承担巨大的专利申请成本。
因此，日本主张通过促进国际专利审查结果的共享，减轻申请人的负担，并按照PLT(“专利法条约”)规定，极力谋求专利制度的国际协调。2005年生效的PLT是在WIPO的框架下，为实现专利审查程序的国际协调提出的。日本，美国和欧洲正在考虑是否加入PLT，同时对在前期相关技术、宽限期、新颖性和创造性等方面实现国际协调的SPLT(“实体专利法条约”)专利法条款的可行性积极进行探讨。但是南北国家在专利问题上始终存在冲突，这是日本在推进专利制度的国际协调方面必须考虑的。在2003年日本实施的第一次知识产权战略推广计划中，提出促进各国专利局之间的专利审查合作，强调通过开展专利法和审查标准的国际协调合作，达到各国相互承认彼此专利的目的。2003年以来，日本、美国和欧洲三国之间，在前期技术调查和审查结果的相互认可方面，开始加强交流合作。首先，从2004年开始启用卷宗调用系统，三国内部可以彼此搜索调阅任何一个国家的审查信息。之后，日本提议以三边专利局为中心，实施工作成果分享机制，即申请人在第一个机构的专利申请获得通过后，在第二个机构再次申请时，应当简化审查手续，这一提案也被称为“专利审查快速通道”(PPH)，并于2006年在日本和美国之间试行。2007年日本和韩国之间也开展了这项操作。2009年PPH缔约国家增加到10国，分别为美国、韩国、英国、与德国，丹麦，芬兰，俄罗斯，奥地利，新加坡，匈牙利10个国家。为体现降低申请人负担的原则，还要求各国尽可能统一申请表的内容格式。2007年日本、美国、欧洲同意使用同一专利审查格式。
然而，“专利审查快速通道”的实际利用率却并不高，只在日本和美国之间使用较多，日本对美国828件，美国对日本454件。
(3)设立专门解决知识产权纠纷的知识产权高等法院，强化争端解决功能
知识产权作为无形资产，其价值最终将由法院裁定。如果法院无法处理知识产权案件，企业知识产权战略和国家知识产权立国战略将难以实施。
①日本司法体制改革进程
从2000年起，日本知识产权法庭受理的侵权案件数量持续增加，当年超过600件。数量的增加带来各种问题，如审判速度缓慢、胜诉后赔偿金额低、判决的可预测性差和法院对专业技术的理解存在问题等。由此，日本被指责为不怕侵权，侵权反而获益的社会。
日本司法体制改革始于2001年6月公布的司法体制改革审议会(会长为京都大学名誉教授佐藤浩二) ，在该次会议上提出的意见书中，关于“加强知识产权有关案件的解决力度”的提案成为日本司法制度改革的主要支柱之一。2002年3月，日本司法制度推进计划(内阁决议)继续推动该议案，2003年修订民事诉讼法，规定知识产权案件的一审管辖权归属东京地方法院和大阪知识产权法院，二审法院为东京高等法院，以确保裁决结果的统一性。此后，日本内阁设立知识产权战略总部，并参照美国CAFC的做法，将设置知识产权高等法院列入议程。几经调整，最终在第一次推广计划中，提出建立知识产权高等法院的法案，于2004年提交日本国会。同年秋季，日本知识产权战略总部和司法系统改革总部共同设立专家委员会，讨论上述问题。
②围绕设置知识产权诉讼法院的争议
日本知识产权战略总部接受产业界的要求，为提高知识产权法院对技术的认知水平和贯彻国家重视知识产权的意图，提议设立第九所独立的高等法院，专门处理知识产权诉讼案件。对此，司法系统改革总部存在异议，认为在设置从事知识产权诉讼的专门法院一事上需要慎重，可以在普通法院设立专门解决知识产权案件的部门(如上所述，通过修订民事诉讼法，集中知识产权案件的一审管辖权)。
经两部门协商决定，在东京高等法院下设独立的知识产权高等法院。这样既可以维持现有的法院体系，又可以传递重视知识产权的信息。该法案提交国会通过后，于2005年4月开始执行。知识产权高等法院下设4个部门，法官18名，为弥补专业技术方面能力的欠缺，引进技术专家制度，重视发挥调查员的作用。为统一裁决，采取五位法官联合判决体制。
③专利有效性问题
日本知识产权高等法院建立后，在解决知识产权争端方面取得巨大成就，但是仍然存在许多尚待解决的课题，其主要集中在专利有效性方面。
自2002年实施知识产权战略后，日本地方法院新受理的知识产权案件在2004年达到高峰，为654件，2008年为497件，下降了约20%，其中涉及重要专利的案件在2004年为217件，2008年为147件，下降约30%。专利纠纷下降的原因，主要包括:企业守法意识的提高;经济衰退中为节约成本放弃诉讼等。企业界则认为，主要原因在于专利侵权诉讼结果中，70% ～ 80%是原告败诉，即根据日本专利法第104条第3款的解释，认定被侵权的专利存有争议，从而判决专利无效的案件增加所致。企业认为，在专利侵权认定过程中，如果法院判定专利本身是没有价值的，企业则要格外承担如许可协议无效的风险，因此，不到万不得已，企业不轻易起诉。
从2000年到2009年，日本地方法院在专利侵权诉讼的判决中，判定原告败诉的约500例，其中39%认定为专利无效。2000年专利无效判决约占10%，此后逐年上升，2006年占50%，自2007年起略有下降，保持在40%左右。在关于撤销专利无效判决的诉讼中也是如此，法院不轻易作出专利有效的判决。从2004年到2007年，日本法院撤销专利无效原判的比例，比维持原判的比例大约低10%，而在专利有效判决的二审中，撤销原判的比例却占到一半。虽然这一结论没有分析庭外和解的比例，不过，从知识产权立国战略的角度看，司法裁决是行使权利的重要保障，也是最终确定专利价值的权威机构，而现实中企业尽量避免法庭审判，是与其设置初衷相违背的。
企业拥有的专利在起诉后被判无效，这一状况直接导致企业国际竞争力的下降。如何扩大专利的应用，提高专利的质量是企业必要考虑的问题，但是专利局也有一定责任。为提高专利质量，要求专利局提高专利审查质量，改善判断能力。据明治大学高倉成行教授分析，法庭判定专利无效的理由主要有三大类:一是不具有新颖性，即技术已经存在;二是不具有创造性;三是申请手续错误。对于第一种情形，需要提高网络检索技术，扩大检索范围。这需要专利局提高信息检索功能，确保对此前已有技术的检索范围涵盖从专利文献到一般文献，从日文、英文文献到其他外国语文献。第二种情形较难判断，由于法院具有自由裁定权，在判定专利有效性问题上，应考虑法院与专利局合理分工，解决双重标准问题。如果仅依靠专利局的专利审查标准，有其局限性。当前，日本正在考虑在专利审查的过程中采取公众参与的做法，过去曾经有过异议制度，该制度在确保专利质量上发挥了重要作用。无论采取何种方式，都是为了在裁判前，有效利用专利局以外的力量进行专利审查。
强化审判职能也是必须的。专利判决具有准司法性质，有关专利有效性的判决除了要求了解技术知识外，还需要掌握诉讼法相关的法律知识，为提高裁决的可靠性，需要采取如培训和取得律师资格证等措施提高法官的法律知识。④专利权无效判定的双重标准问题
侵权诉讼中有关专利有效性的判断，存在专利无效抗辩和专利无效宣告两种，专利法中允许被告方请求专利局出示无效宣告裁决，证明专利无效，法院一般将专利有效性的判断委托专利局进行。从长期实践看，在2000年Kilby专利最高法院裁决中，提出法院具有辨识专利无效理由是否成立的能力，如果法院裁决专利无效理由成立，将认定该专利权的使用为权利滥用。2004年在该案件的判决中，扩大了法院作出无效裁决的适用范围，修订后的日本专利法第104条第3款提出，即便没有明显证据证明专利无效，法院也可以根据案情判定专利无效。这表明法院存在双重标准判定专利权无效，一是专利局的无效宣告;二是侵权诉讼中的无效裁决。目前，日本的专利侵权案中，70% ～ 80%的被告提出专利无效抗辩。双重标准已成为一个现实问题。该问题导致专利持有人需要在专利局和法院两方面证明专利有效，不仅耗费时间，而且增加财务负担。一种观点认为，日本专利法第104条第3款的内容使原告和被告之间的地位失衡。特别是中小企业由于缺乏足够的资金和法律专业人才，作为原告显然处于不利地位，即使它有一个更好的专利，也很难两次过关。例如某日本中小企业的案例，从1999年起诉到2003年日本最高法院判定其胜诉，获得4亿日元赔偿。期间，其作为原告提起2起诉讼，对此被告曾提出4起无效抗辩。对于一个销售收入10多亿的原告企业，法庭费用就需支付几个亿，可见双重标准近乎苛刻。
为改进双重标准问题，目前日本专利局研讨的建议中，一类认为应当统一采用法院标准，并限制专利无效抗辩的申诉;另一类认为，保留双重标准，加强专利局和法院之间的信息交流，从制度上保证标准一致。无论采用哪一种建议，都需要有效划分法院和专利局的职责。为提高法庭对知识产权纠纷涉及的专业知识的认知能力，可以引进专家委员制度，以公平中立的立场，解决知识产权纠纷;而专利局拥有许多技术专家每天处理大量的专利申请，接触很多技术信息，也与其他国家进行技术信息交流。鉴于双方的性质和作用，有效的做法是在法院裁决专利有效性时，利用专利局在技术方面的专长，采纳其意见后，由法院进行法律判决。如果存在明显的理由说明专利无效，就不需要等到无效宣告后再执行，也正是因为无效宣告需要时间过长，才引入专利法104条3款解决。不过，对于法院专利无效判决的适用范围，应该依然采用Kilby案件之前的范围。
2008年3月，日本经济团体联合会对其会员企业进行的知识产权战略调研结果显示，对在日本知识产权战略实施后，知识产权保护(权利的行使和权利化)的可预见性问题，42%的企业认为有所提高，27%认为没有改变，认为下降的占12%，虽然大多数企业的评价是积极的，但是仍有39%的企业并不满意。
⑤加快审判速度
在加快审判速度方面，东京地方法院审理知识产权相关案件的平均时间已经由1999年的23. 1个月，大幅缩短为2008年的13. 7个月。知识产权主审法官从36人增加到41人，知识产权高等法院，东京、大阪地方法院的业务部专家从起初的138人增加到2008年的200人。提高判决速度、一致性和专业性是日本成立知识产权高等法院的目的。在统一性方面，基本实现了实际管辖权的集中，并加以制度化。在判断专利有效性的标准方面，采用新的领先标准衡量创造性的做法，也得到日本业界的认可和赞许。
需要说明的是，在审理速度上，有日本学者将审理时间的缩短归因于专利无效判决的增加，通常情况下，涉及侵权诉讼的案例，将进行专利侵权的事实认定，认定前，首先需要判断专利是否无效，如果肯定专利无效，就不再进入事实认定程序，日本此前的知识产权诉讼案件，几乎没有专利无效的审判裁决，因而审理时间较长。要判断日本司法改革和知识产权战略实施后，审理速度是否加快，必须验证非专利无效判决的审理时间是否缩短。
⑥人才培养方面
在专业知识的认知方面采取的措施，如加强调查人员的权限、引进专家制度等取得较好成效，法官的培训力度也得以强化。不过，从日本司法改革的目的以及设立知识产权高等法院之初，就司法部引进“技术法官”的讨论结果看，在专业知识的认知方面，还有许多课题亟待解决。2010年6月对美国CAFC法官的背景调查显示，12位法官中除缺席的2名外，余下的10人中，非法律背景的占5名。这5人中，1人具有科研经验，1人具有科学学位，其余三名是有经验的电气工程师。对此，有观点指出，技术知识涉及领域广泛，掌握特定技术领域的专业知识，未必有助于不同专业的技术判断，况且不仅知识产权诉讼案件，在医疗事故诉讼中也涉及专业知识，因此，完全可以由一般法官在通盘考虑后，加以判断。不过，知识产权审判中，对创造性的判断，需要具备了解高度复杂的技术知识并加以评价的能力。究竟是由只有法学背景的人组成的法庭更符合日本司法体制改革的精神，还是应当配置有技术背景的法官加入为好，其结果是可以预见的。因此，有日本学者提议法学院应当录取一定数量的理工科背景的学生入学，尽早培养出胜任知识产权法庭的兼有理工科背景的法官。
(4)在反假冒和盗版商品及防止技术流失方面的对策
①日本反假冒和盗版商品的相关措施
从20世纪90年代末开始，假冒和盗版商品问题引起日本高度重视，这些商品中包括日本的家电、摩托车、日用品等。2004年，在世界海关组织和国际刑警组织共同举办的第一届消灭假冒和盗版商品会议上，日本提出在家电、摩托车、日用品等领域，日本企业的商标专用权屡遭侵犯，蒙受巨大损失。同年，在日本专利局开展的调查结果中，将日本企业在中国、韩国、泰国三国和台湾地区的销售收入损失估计为17万9千亿日元，利润损失为1. 2万亿日元，并且认为互联网的普及也促进了假冒和盗版商品的泛滥，如网购增加了冒牌货品的流通渠道、在网络流传的盗版片几乎与电影新片同步上映。
为打击日本国内的假冒和盗版商品，2003年日本修正海关关税法，加强对假冒和盗版商品的边境执法力度，顺次采取措施包括:授予专利持有人申请相关商品进口禁令的权利;海关具有向权利人提供关于进口商和海外生产企业相关信息的义务;海关有义务为受害人提供侵权货物的样品，用以分解分析等。为强化上述措施执行，日本增加了负责知识产权的海关官员，2003年增加40人，2008年增加到77人。
针对世界各地的假冒商品问题，日本自2003年起，每年由民间团体在海外举办国际知识产权保护论坛、日本政府也配合私营部门召开相关会议。2005年为避免假冒商品在东亚、东欧、南美等区域出现，日本在格伦伊格尔斯八国集团首脑会议上提出制定国际通行规则，并提交关于假冒商品的生产国有义务进行出口管制等内容的草案(ACTA)，在取得美国和法国的支持后，启动了该协议相关的谈判工作。②日本反假冒和盗版商品的效果
日本国内采取的相关措施已经初见成效。日本海关实行禁令的侵权货物逐年增加，2008年达到创纪录的26 000件。尽管如此，日本内阁府的调查结果显示，日本公众抵制假冒商品的意识薄弱。2005年，日本内阁府就一般公众对盗版态度进行了调查，结果表明，公众普遍对明知为盗版商品，仍然购买并带回日本国内消费的行为持容忍态度。为进一步打击假冒和盗版商品行为，日本政府不惜改革法律制度，并增加工作人员，依法加强监督，同时开展大规模打击假冒和盗版商品活动。在文化产业，2007年日本制定法律禁止盗版翻拍电影。这对在电影院使用摄像机非法录制影片，并大量复制出售的行为起到了一定遏制作用。
日本高度关注海外假冒和盗版商品带来的损失状况。2009年，日本经济产业省调查了在华的日资企业在2007年和2008年的知识产权损失情况，53%的受访者称遭受损失，80%的企业曾遭遇商标侵权，据此，日本认为海外的假冒和盗版商品带来的损失相当严重。受访企业基本认同当地政府针对这类问题所采取的逐年加大打击力度的措施，如2006年查获2593件，2007年2 868件，2008年3 153件。但是对于后续处罚情况，表示不了解的受访企业2007年占48%，2008年降为39%。同时受访企业也表示，当地政府部门出于缺乏打击假冒、盗版商品的技巧和人手，担心影响本地产业发展等原因，态度消极;而侵权者对侵权行为的犯罪意识较低，再犯的概率较高;另一方面，通过使用相近商标、小批量生产、存储以防查抄等变相的侵权行为有所增加。
③技术流失问题
20世纪90年代日本泡沫经济崩溃后，一部分日本企业研究人员和退休人员，开始利用周末的时间奔赴海外，为海外企业服务。日本认为，这一行为将日本企业尖端产品的相关技术和生产工序的技术诀窍等商业秘密提供给了海外的竞争对手企业，造成日本领先技术的流失，在某种程度上削弱了日本企业的国际竞争力。
美国也将泄漏企业、研究机构和高校的重要技术作为重大问题对待。正如2001年日本学者因涉嫌将美国哈佛大学的研究成果带出国而被指证为经济间谍一事所显示的，美国对窃取经济价值较高的技术信息的行为一直采取强硬立场，日本也数次修正法案以防止技术泄漏，但是其挑战在于执行方面。
中小企业也存在技术流失问题。世界公认日本中小企业的模具生产技术设计精巧，但是这些重要技术、技术诀窍取得专利的却不多。有些中小企业未经批准，就擅自将客户企业如汽车和电子产品龙头企业提供的模具设计图纸和数据，提供给外国企业，用以生产便宜的模具。针对这些不具有知识产权法规定的权利，又不算商业秘密，但是却是应当受到保护的技术，2003年日本经济产业省提出关于模具的合同纲领，要求产业界遵循指导开展业务。
④防止技术流失的对策措施
为防止技术流失，日本政府已采取各种措施加以防范。数次修订防止不正当竞争法;在2003年，为加强对商业秘密的保护，提出对擅自获取其他企业制造技术和客户名单的行为进行刑事处罚;2005年规定根据某些犯罪条款，对企业退休离职人员的泄露商业秘密的行为给予刑事处罚;同时修订知识产权保护法，将盗窃商业秘密的行为视同财产盗窃犯罪，判处10年以下徒刑的刑事处罚;2009年，进一步修订法律，扩大了商业秘密侵权行为的适用范围。
另一方面，日本政府也加强了对企业的指导。2003年确立了防止企业技术流失的基本方针;2006年推出保护日本企业技术诀窍的行动指南，通过实例介绍，告诉企业应当如何证明企业最早拥有使用权;2007年开始敦促高校加强对敏感技术的管理，并加强对留学生的管理等。日本产业界也采取各种措施，防止技术流失，如在企业的尖端产品生产过程中采取黑箱式操作;制定公司员工的信息安全手册;与员工签订保密协议等。
尽管制度保障、企业努力对防止技术流失发挥了一定的作用，但是技术流失问题仍然存在。
