发明专利申请公布以后，如果申请人已经办妥了实审请求手续，申请将进入实审程序，专利局会发给申请人“进入实质审查阶段通知书”。如果申请人没有办妥实审请求手续，那么专利局则等待申请人办理实审请求手续从申请日起满三年，申请人未提出实审请求的或者实审请求未生效的，申请即被视为撤回。
进入实审程序的申请将按照进入实审程序的先后顺序等待实审。在实审中，审查员将在检索的基础上对专利申请是否具备新颖性、创造性、实用性以及专利法规定的其它实质性条件进行全面审查。经审查，认为不符合授权条件的，或者存在各种缺陷的，应当通知申请人在规定的时间内陈述意见或进行修改(答复第一次审查意见通知书的期限是4个月)。申请人在指定期限内未答复的，申请被视为撤回。经至少一次答复或修改后，申请仍不符合要求的，予以驳回。由于实审的复杂性，审查周期一般要1年或更长时间。
发明专利申请在实质审查中未发现驳回理由的，或者经申请人修改和陈述意见后消除了缺陷的，审查员将制作授权通知书，申请按规定进入授权准备阶段。
