商标独家申请许可证是一种商标使用许可证。又称商标独家申请许可证，即商标所有人许可他人在指定区域内使用商标后，不仅不允许同一申请商标在同一区域的第三方申请，而且不允许自行申请。商标独家申请许可证必须在使用许可合同中明确约定，并规定双方（许可方、被许可方）严格按照约定履行义务。
商标一般使用许可证是商标使用许可证的另一种方式。即商标所有人（许可人）在规定地区履行申请商标的使用权后，仍保留使用申请商标的权利。此外，还有权在同一地区申请同一商标，然后许可第三方的申请。
两者都是商标使用许可证的形式，但两者有原则上的区别：商标独家申请许可证不转让商标所有人的“所有权”，独家使用权（专利权）出售给被许可人，独家许可合同签订生效后，商标所有人（许可人）不能在同一地区再次许可他人申请，不能在同一地区再次使用该申请商标；两者都是商标注册的原则。我国实行先申请、先使用、先补充的原则。商标先申请原则与狭义上的商标先申请原则不矛盾，但理论上先申请原则的关键区别在于，注册取决于先申请注册还是先使用。
商标使用许可证必须明确商标使用许可证的类型，实际上包括独家许可证、一般许可证和排他许可证。特别是，被告还必须签订合同并登记备案。整个过程比较复杂，容易因疏忽引起纠纷。但是，在许可他人申请商标时，由于许可证的类型不同，被许可人和商标所有人的权利和义务也不同。
