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法律分析：保健食品专利的申请方式：由当事人亲自或委托他人，向国务院专利行政部门提出申请。然后，国务院专利行政部门依法进行审查（初步审查十八个月，实质审查三年）。最后，符合条件的，授予专利权。
法律依据：《中华人民共和国专利法》
第三条 国务院专利行政部门负责管理全国的专利工作；统一受理和审查专利申请，依法授予专利权。
省、自治区、直辖市人民政府管理专利工作的部门负责本行政区域内的专利管理工作。
第四条 申请专利的发明创造涉及国家安全或者重大利益需要保密的，按照国家有关规定办理。
第五条 对违反法律、社会公德或者妨害公共利益的发明创造，不授予专利权。
对违反法律、行政法规的规定获取或者利用遗传资源，并依赖该遗传资源完成的发明创造，不授予专利权。
第六条 执行本单位的任务或者主要是利用本单位的物质技术条件所完成的发明创造为职务发明创造。职务发明创造申请专利的权利属于该单位；申请被批准后，该单位为专利权人。
非职务发明创造，申请专利的权利属于发明人或者设计人；申请被批准后，该发明人或者设计人为专利权人。
利用本单位的物质技术条件所完成的发明创造，单位与发明人或者设计人订有合同，对申请专利的权利和专利权的归属作出约定的，从其约定。
