商业秘密主要可以按照三种方法来计算赔偿损失：按照侵权人带给权利人的损失计算；按照侵权人因为侵权而获得的利益计算；按照许可费计算；侵犯商业秘密的刑罚还需要根据其结果的严重性来判决。
【法律依据】
《反不正当竞争法》第十条的规定，下列行为属于侵犯他人商业秘密的不正当竞争行为：
(1)以盗窃、利诱、胁迫或其它不正当手段获取的权利人的商业秘密；
(2)披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密；
(3)违反约定或者违反权利人保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的权利人和商业秘密。
第三人明知或者应知前款所列违法行为，获取、使用或者披露他人的商业秘密，视为侵犯商业秘密。
