法律分析：1、法人资格区别
经营部不具备法人资格，公司具备法人资格。
2、连带责任区别
经营部是无限连带责任法律，有限责任公司是有限连带责任的。
3、征收税种区别
个体户可以定额征收增值税，缴纳个人所得税等。
公司征税按实际收入征收，缴纳增值税、企业所得税等。
4、征收方式的区别：
经营部大多数是核定征收，公司一般是是查账征收。
经营部一般是税务机关根据其所在位置规模员工人数销售商品按估算的销售额予以定税.不论当月的收入多少，有无收入都要按定税金额来交税。公司则要求企业自己申报的收入来交税，小规模纳税人季度收入不超过9万元可以享受免税优惠政策。
5、申报缴纳的税种不同：
主要体现在所得税的申报上，经营部申报个人所得税，公司申报企业所得税。
经营部可以定额征收增值税，附加税，缴纳个人所得税。公司征税按实际收入征收，缴纳增值税、附加税，企业所得税。
法律依据：《中华人民共和国公司法》第六条 设立公司，应当依法向公司登记机关申请设立登记。符合本法规定的设立条件的，由公司登记机关分别登记为有限责任公司或者股份有限公司；不符合本法规定的设立条件的，不得登记为有限责任公司或者股份有限公司。
法律、行政法规规定设立公司必须报经批准的，应当在公司登记前依法办理批准手续。
公众可以向公司登记机关申请查询公司登记事项，公司登记机关应当提供查询服务。
第七条 依法设立的公司，由公司登记机关发给公司营业执照。公司营业执照签发日期为公司成立日期。
公司营业执照应当载明公司的名称、住所、注册资本、经营范围、法定代表人姓名等事项。
公司营业执照记载的事项发生变更的，公司应当依法办理变更登记，由公司登记机关换发营业执照。
