“三证合一”后申请公司注册登记的流程如下：
1、申请名称预先核准；
2、向公司登记机关申请设立登记，提交国家工商行政管理总局规定要求的文件；
3、公司登记机关依法审核，发给营业执照；
4、刻制印章，开立银行账户，申请纳税登记。法律依据：《中华人民共和国公司登记管理条例》第二条有限责任公司和股份有限公司（以下统称公司）设立、变更、终止，应当依照本条例办理公司登记。申请办理公司登记，申请人应当对申请文件、材料的真实性负责。第十七条设立公司应当申请名称预先核准。法律、行政法规或者国务院决定规定设立公司必须报经批准，或者公司经营范围中属于法律、行政法规或者国务院决定规定在登记前须经批准的项目的，应当在报送批准前办理公司名称预先核准，并以公司登记机关核准的公司名称报送批准。
