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法律分析：注销营业执照，股东不配合，不会影响注销的进程。注销营业执照，主要是由法人代表进行。当公司经营管理发生严重困难，继续存续会使股东利益受到重大损失，通过其他途径不能解决的，持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东，可以请求人民法院解散公司。股权的登记与否的，在形式要件作用下，会产生善意第三人能否对当事人主张权利的影响。
法律依据：《中华人民共和国公司登记管理条例》第四十二条 有下列情形之一的，公司清算组应当自公司清算结束之日起30日内向原公司登记机关申请注销登记：（一）公司被依法宣告破产；（二）公司章程规定的营业期限届满或者公司章程规定的其他解散事由出现，但公司通过修改公司章程而存续的除外；（三）股东会、股东大会决议解散或者一人有限责任公司的股东、外商投资的公司董事会决议解散；（四）依法被吊销营业执照、责令关闭或者被撤销；（五）人民法院依法予以解散；（六）法律、行政法规规定的其他解散情形。
